En 2003 el Conjunto Monumental Histórico de Panamá Viejo fue declarado Patrimonio Cultural de la Humanidad de la Unesco.
En 1670, la ciudad cuenta con 15 mil habitantes y vive su mejor momento. El 28 de enero de 1671, Henry Morgan, pirata inglés, junto con mil 400 hombres, inicia el cerco de la ciudad por tierra.
El Gobernador de la ciudad, Juan Pérez de Guzmán, ordena volar el polvorín y poner barriles de pólvora en puntos estratégicos de la ciudad para hacerlos detonar si entraban los piratas.
Cuando los hace estallar se provoca un gigantesco incendio que destruye a la ciudad casi por completo. Los habitantes la abandonan. Los piratas toman el sitio y lo saquean. Después de un mes, el 24 de febrero de 1761, se retiran con 195 mulas cargadas y con prisioneros y esclavos.
En el ataque pirata murieron más de 500 personas, entre blancos, negros, indígenas, mulatos y mestizos, sin contar heridos ni prisioneros.
De la ciudad original, considerada como el primer asentamiento europeo en la costa pacífica de América, ahora quedan ruinas que conforman el sitio arqueológico.
En 1578 la Compañía de Jesús llega a la ciudad. Es un sacerdote jesuita, Miguel de Fuentes, y dos hermanos coadjutores que vienen de Lima, Perú. La primera iglesia fue de madera. En 1582 había cinco jesuitas. En 1610 empieza la construcción de un edificio en mampostería bajo el proyecto del sacerdote y arquitecto jesuita Andrés Alonso de Valladolid. La iglesia se utilizaba de Catedral cuando ésta por alguna razón se cerraba. La Orden se funda en 1540 y 38 años después de su creación ya están aquí.
La iglesia era de gran altura y era de planta basilical con tres naves. Tenía dos accesos: uno lateral sobre la Calle de la Empedrada, y la entrada principal, que daba hacia una calle transversal. Una tercera puerta comunicaba con la casa de los jesuitas. Las ruinas que hoy pueden verse, que corresponden a la iglesia y a la casa, son del período posterior al terremoto de 1621.
El 21 de enero de 1673, ocho kilómetros al suroeste de la ciudad original, Antonio Fernández de Córdoba, se funda la nueva ciudad con 300 habitantes, la mayoría sobrevivientes de la ciudad anterior. De 2003 es la declaratoria de Patrimonio Cultural de la Humanidad de la Unesco del casco antiguo de la ciudad de Panamá.
En 1737 un incendio destruye la casa de los jesuitas. Para 1749 estos ya habían levantado gran parte de su nuevo colegio que fue sede de la Real Pontificia Universidad de San Javier, que se funda el 3 de junio de 1749, mediante real cédula del Rey Fernando VI. Funciona hasta el 28 de agosto de 1767, cuando se expulsa a los jesuitas de los reinos de España por orden del Rey Carlos III.
La construcción de la iglesia es posterior a 1749, y la obra no se termina por la expulsión de los jesuitas. Tenía una planta rectangular con una capilla mayor cuadrada. Su fachada posee cuatro columnas empotradas de piedra labrada en forma cilíndrica, dos en cada lado.
En el Siglo 19, la iglesia, ya en ruinas, se divide en tres propiedades. La capilla mayor fue transformada en una casa de dos altos, y el espacio de las naves tuvo diversos usos como establos, cobertizos e incluso dos casas, una de ellas apoyada sobre la fachada principal. En 1982 se liberó el conjunto. Lo que fue el edificio del colegio sufre un incendio y en el Siglo 19 es afectado por un terremoto. Ahora en ese espacio se ha construido un hotel.
En 1578 la Compañía de Jesús llega a la primera ciudad de Panamá. La Orden se funda en 1540 y 38 años después de su creación ya están aquí. La primera iglesia fue de madera y es a principios del Siglo 17 que inician la construcción de un edificio en mampostería bajo el proyecto del sacerdote y arquitecto jesuita Andrés Alonso de Valladolid.
Para 1749, los jesuitas ya habían levantado gran parte de su nuevo colegio que fue sede de la Real Pontificia Universidad de San Javier, que se funda en 1749, y funciona hasta 1767, cuando se expulsa a los Jesuitas de los reinos de España por orden del rey Carlos III.
En el Siglo 14, la iglesia, que ya estaba en ruinas, se divide para uso de viviendas y también de establo y bodegas. En 1982 se recuperó el conjunto e inicia el proceso de conservación de los vestigios.