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El monofisismo es una doctrina en la cual se proclamaba la existencia de solo naturaleza divina en Jesús, excluyendo en Él la humanidad.
Pretendiendo ser una respuesta a la doctrina predicada y condenada por Nestorio, quien afirmaba la existencia, en Jesús, de dos naturalezas actuando de manera separada; la humana y la divina, lo cual fue condenado por la Iglesia en el concilio de Éfeso, en el año 431.
En este concilio se definió a Jesús como Dios y hombre verdadero, siendo el gran expositor de esta definición San Cirilo de Alejandría. Los opositores de San Cirilo afirmaron la presencia de un gran error en esta doctrina, afirmando la existencia de una sola naturaleza en Jesús, la cual llamaron Physis, encarnada en el Verbo de Dios.
En el año 444 surgió un Archimandrita de Constantinopla, título existente en las iglesias orientales, equivalente al abad en un importante monasterio, llamado Eutiques, empezó a enseñar que la naturaleza humana de Jesús fue absorbida por naturaleza divina, para después solo existir esta última. A esta doctrina se le llamó Monofisita, del griego Monos, una y physis, naturaleza.
La doctrina de Eutiques convertía, de esta manera, a la persona de Jesús en una apariencia, ya que, según sus enseñanzas, dejaba de existir la naturaleza humana.
Eutiques no era un hombre erudito, ni de inteligencia brillante, pero si contaba con un carisma y logró impactar, consiguiendo un gran número de seguidores y al contar con el apoyo de Dióscoro, Patriarca de Alejandría, la controversia doctrinal fue llevada al terreno político, al conseguir el apoyo del emperador Teodosio II, quien vio la oportunidad de enfrentar el poder de Roma, representado en el Papa.
Al la muerte del emperador Teodosio II, su sucesor, el emperador Marciano, de acuerdo con el Papa, convoca al concilio de Calcedonia, en el cual se definió a Jesús como Dios y hombre verdadero.
Los monofisitas que no aceptaron la doctrina del concilio de Calcedonia provocaron un cisma, divido en varias corrientes, que se fueron formando en el transcurso de los siglos, como los Jacobitas en el año 541, seguidores del obispo de Edesa y cuya influencia se dio en Siria y Armenia. En 1646 una nueva corriente del monofisismo, llamada los coptos, se asentó en Egipto y Etiopía.
Actualmente los esfuerzos del diálogo ecuménico han procurado ir venciendo el aislamiento con estas iglesias, logrando su acercamiento con la Iglesia católica y con el resto de la cristiandad.